富硒大蒜有许多功效，如抗氧化、防治心血管疾病、提高机体免疫力、抗癌等等。

因为大蒜对土壤中硒的富集能力很强，因此它的抗氧化功效会更明显。同时大蒜也可以作为有机硒的载体，成为一种天然补硒食品。在大蒜生长时使用富硒肥料，不仅能促进生长，提高产量、有机硒含量和有机硒的转化率，还可以提高大蒜中镁、钾、铁的含量。

富硒大蒜的营养价值更高，大蒜含有丰富的营养素，包括磷、硒、维生素B、维生素C等。富硒大蒜中还含有多种生物活性成分，比如蒜氨酸、大蒜辣素、硒化大蒜多糖等等。

    大蒜中的主要抗菌成份“大蒜素”具有杀灭病原微生物的作用，研究显示，大蒜素可以明显抑制细菌、真菌、病毒和寄生虫。大蒜中提取出的多种成份有利于心血管疾病，能起到抗氧化、降低血脂和胆固醇水平、抑制体内炎症等作用。国外学者对大蒜中的有效成分抗心肌缺血的作用做了研究后发现，大蒜中的蒜氨酸可以通过改善心肌细胞线粒体功能及抗氧化作用，有效减轻心肌损伤。大蒜中的活性成分有利于降血脂，其机制可能跟阻断体内脂质过氧化、抑制胆固醇合成途径有关。大蒜辣素有利于降低原发性高血压动物的血压水平和血浆中的甘油三酯水平。它的分解产物还能够抑制高脂血症动物体内胆固醇的合成，降低血脂、胆固醇水平。

富硒大蒜中拥有的硒元素等多种活性成分具有很强的抗氧化作用，有利于减轻血管等部位炎症损伤，因此也间接性缓解了心血管疾病的发生、发展进程。大蒜中的多种活性物质均有提高机体免疫力的作用。比如大蒜素可以提高T淋巴细胞的免疫功能。

在医学上，常把巨噬细胞的吞噬能力作为评价体内免疫状态的指标之一。